L’objectif essentiel de cette formation est de former des étudiants pour l’entrée dans une formation doctorale en environnement aquatique littoral lié à l’écologie fonctionnelle, l’écologie des communautés, l’écotoxicologie, la gestion des écosystèmes, des spécialistes et experts confirmés et compétitifs dans le domaine de l’écologie.
 Débouchés en doctorat en 2004-2005 : 7 étudiants sur 12.
 Débouchés en doctorat en 2005-2006 : 6 étudiants sur 13.
 Débouchés en doctorat en 2006-2007 : 9 étudiants sur 14